秦可卿死于腊月初二，她的丧礼却在翌年八月，间隔达九个月;从她的病情来看，似乎是病逝，从她的判词、曲子及对鸳鸯的自述来看，似乎又是自缢。她的死所以成为红学悬案。
死后显灵
秦可卿死后显灵两次，一次在大观园责问凤姐辜负了当年的嘱托，一次教鸳鸯自缢，引入太虚幻境。宝玉梦入真如福地(太虚幻境的幻象)，见到她与众女儿在一起。全书结尾处，贾政、贾蓉扶贾母、秦可卿、凤姐、鸳鸯、黛玉灵柩回南安葬。
角色疑案
养小叔子
焦大醉骂"养小叔子"意指秦可卿与贾蔷乱-伦:贾蔷是宁府中之正派玄孙，是一位正牌小叔子;他就住在贾蓉房里，最多机会接近秦可卿;他与秦可卿传出绯闻，贾珍为避嫌，命他搬出宁府(他搬出去后，仍旧与贾珍、贾蓉要好，只是不能进内闱与秦可卿厮混，可证个中事由并非因他与珍、蓉不伦，而是与秦可卿不伦);秦钟在学堂被欺负时，他第一个站出来暗中帮忙，同时为了避嫌，又第一个溜之大吉。
其它说法评介:(1)凤姐与贾蓉，二人是婶婶与侄儿的关系，不是叔嫂关系，并且实无奸情。第6回凤姐叫贾蓉晚上再来，也无苟且之事，因为她还吩咐了家下众媳妇管事晚上进来回话;(2)宝玉与秦可卿，秦可卿是宝玉的侄儿媳妇，不是叔嫂关系。
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