a.产品结构不合理。现有22类功能性保健食品，无论从审批数还是实际生产情况看，产品结构都很不合理，导致市场竞争十分激烈。
b.企业分布不平衡。北京等6个沿海省(市)的保健食品企业的总数约占全国一半，而新疆等西部地区保健食品生产企业，还不到北京的五分之一，说明我国保健食品企业的地域分布及资源的开发利用都不合理。
c.科技投入少。2001年，全国保健食品企业全年科研项目的经费支出仅占销售收入的1.55%;而广告宣传费平均占销售收入的6.54%，由于科技投入少，所以技术水平高、保健功效好的新产品就很少。
(2)企业问题
a.保健食品不实宣传问题十分严重：广告用语明显带有功效性，甚至有的公司篡改的广告中还以中国营养学会等机构和组织的名义，为产品的功效做证明，违反了《保健食品广告审查暂行规定》，误导了消费者。《食品广告发布暂行规定》第九条明确规定：食品广告中不得使用医疗机构、医生的名义或者形象。
b.非法添加违禁物品问题时有发生。添加违禁药品比较突出的情况包括：在生产调节血糖保健品中加入降糖药;在生产减肥保健品时添加兴奋类药物;在生产抗疲劳保健品时混入“伟哥成分”;在生产改善睡眠保健品时添加安定;在生产“增高”类保健品时掺进激素;在生产免疫调节保健品时添加一些中枢食欲抑制剂。
c.保健食品企业生产条件较差问题尚未得到根本性改变。
d.非法生产经营保健食品的问题率禁不止。
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